Перес был вдовцом. Соня Перес, супруга Шимона скончалась 20 января 2011 года, в северном Тель-Авиве в возрасте 87 лет. Хотя Шимон Перес и Соня отметили золотую свадьбу, последние 20 лет супруги не жили вместе. Когда Перес был избран президентом, Соня отказалась переезжать в президентскую резиденцию в Иерусалиме, предпочтя остаться в Рамат-Авиве.