По словам протоиерея, он трижды был на волоске от смерти. Все три случая были связаны с водой, когда сводило ноги.
В мае 2020 года Димитрий Николаевич перенес коронавирусную инфекцию, которая подорвала здоровье. В начале осени состояние батюшки ухудшилось, а 29 сентября его госпитализировали в реанимационное отделение, где он скончался 21 октября 2020 года. По официальным данным РПЦ, смерть протоирея наступила от хронического заболевания, несвязанного с коронавирусной инфекцией.
«Ушел из жизни один из самых лучших людей на свете — отец Димитрий Смирнов. Он был мой друг, мой наставник. Хотя, почему был? Есть и будет. Смерть земная не отменяет его любви. Она выше смерти», — отозвался на печальное известие актер Иван Охлобыстин.